Domaine d'activité
Recherche & Développement
Catégorie
Corporate
Localisation
Marcq-en-Barœul, France
Type de contrat
Apprenticeship - Apprentissage

Description de l'offre

Dans le cadre de cette alternance, vous intégrez le département BioData responsable de l’analyse de données biologiques générée au sein du groupe Lesaffre. Ses missions principales sont les suivantes : 

  • Soutenir les projets en termes de conception scientifique, et promouvoir de bonnes pratiques statistiques au sein de l’entreprise.  
  • Centraliser toutes les données de séquençage de nouvelle génération et déployer des pipelines bio-informatiques. 
  • Développer des méthodes et des outils informatiques pour intégrer et analyser des données multi-omiques. 
  • Travailler en étroite collaboration avec les autres centres d’excellence du LIST sur des problématiques d’ingénierie métabolique ou d’optimisation de procédés de fermentation. 

Basé(e) au siège, vous serez rattaché(e) à l’équipe CAIB (Computation and AI for Biology) et serez chargé(e) du développement de pipelines bio-informatiques et de l’analyses de données « omics » issues du séquençage de génomes de levures et de bactéries.

Vos missions seront :

  • Elaborer et maintenir des pipelines Nextflow pour le traitement des données de séquençage sur une infrastructure distribuée.  

  • Assurer la standardisation, portabilité et la traçabilité des codes informatiques et des pipelines dans une démarche DevOps (Git, tests-unitaires, CI/CD). 

  • Analyser des données « omics » issues de séquençage de levures et bactéries en lien avec des problématiques applicatives de Lesaffre. 

  • Diffuser et valoriser les résultats au sein du groupe et de la communauté scientifique. 

Qualifications

Vous êtes étudiant(e) en master, école d’ingénieur ou équivalent avec une spécialisation en bio-informatique. Vous recherchez un contrat en alternance à partir de septembre 2024.  

Langues :

Bonne maîtrise de l’anglais (écrit et oral). 

Compétences :

  • Compétences en langages de programmation (Python, R, Bash) dans un environnement Unix. 

  • Expérience en analyse de donnée génomiques, transcriptomiques ou métagénomiques. 

  • Connaissances en gestion de workflows bio-informatiques, en système de contrôle de version et en intégration continue.  

  • Autonome, rigoureux(se), réactif(ve), vous êtes doté(e) de réelles capacités à travailler en équipe. 

Description de l'entreprise

Acteur majeur mondial de la fermentation depuis plus d’un siècle, Lesaffre, 2,7 milliards d’euros de chiffre d’affaires, implanté sur tous les continents, compte 11 000 collaborateurs et 96 nationalités.  

Fort de cette expérience et de cette diversité, nous collaborons avec clients, partenaires et chercheurs, pour trouver des réponses toujours plus pertinentes aux besoins de nutrition, de santé, de naturalité et de respect de notre environnement. Ainsi, chaque jour, nous explorons et révélons le potentiel infini de la levure et des micro-organismes.  

Nourrir sainement 9 milliards d’habitants en 2050 en utilisant au plus juste les ressources de la planète, est un enjeu majeur et inédit. Nous croyons que la fermentation est l’une des réponses les plus prometteuses à ce défi. 

Lesaffre – Entreprendre ensemble pour mieux nourrir et protéger la planète.