Domaine d'activité
Recherche & Développement
Catégorie
Other
Localisation
Marcq-en-Barœul, France
Type de contrat
Permanent Contract
Experience
1 to 3 years

Description de l'offre

Dans le cadre du développement de notre équipe bioinformatique, nous recherchons pour notre département R&D, un(e) Bioinformacien(ne).

Membre de l’équipe Bioinformatique, au sein de l’équipe Data Science, vous travaillerez sur des données principalement issues de séquençage, générées en interne ou dans le cadre de partenariats scientifiques. Votre objectif sera de mettre en place des outils et pipelines d’analyse afin de répondre aux questions des collaborateurs. Vous collaborerez donc de manière active avec les autres équipes du Département R&D basées dans la région Lilloise.

Missions

Le/La bioinformaticien(ne) sera chargé(e) de l’analyse (ainsi que du développement d’outils bioinformatiques permettant l’analyse) de données génomiques et transcriptomiques issues de la levure du boulanger et de bactéries. Il/elle participera à des projets de caractérisation de souches de levure/bactéries ainsi qu’à des projets de caractérisation de microbiomes.

Activités

– Analyser les données issues du séquençage (Illumina et Nanopore) de levures et bactéries et mettre au point des outils d’analyse bioinformatique,

– Elaborer, évaluer et optimiser des pipelines pour le traitement et l’analyse de données.

– Assurer la portabilité, la traçabilité et la durabilité des codes informatiques concernés.

– Participer aux plans d’expériences et conseiller les équipes de collaborateurs.

– Diffuser et valoriser les résultats sous forme de rapports techniques, de publications ou de présentations orales.

– Gestion et suivi de projets

– Assurer la veille scientifique et technologique

 

Qualifications

Titulaire d’un Master en Bioinformatique avec au moins 2 ans d’expérience ou d’un PhD en Bioinformatique, vous maîtrisez l’analyse de données issues du séquençage et la mise au point d’outils d’analyse bioinformatique.

 

– Expérience en assemblage de génomes bactériens, identification d’espèces, pangénomes et phylogénie

– Expérience en analyses métagénomiques shotgun

– Connaissance de langages de programmation et biostatistique (R, bash, Python)

– Maitrise des outils de traçabilité et de développement collaboratif de codes informatiques (git).

– Maitrise de l’environnement Unix/Linux.

– Si possible, avoir des connaissances sur l’implémentation de pipelines sous Nextflow.

– Connaitre les outils de conteneurisation (Docker ou équivalent)

– Travailler en interaction, savoir discuter et vulgariser, à la fois avec des biologistes expérimentaux, bioinformaticiens ou biostatisticiens.

– Maîtrise de l’anglais scientifique (oral, écrit)

– Disposer d’excellentes qualités relationnelles

– Capacité à travailler en équipe

– Autonomie, dynamisme et proactivité

Description de l'entreprise

Acteur majeur mondial de la fermentation depuis plus d’un siècle, Lesaffre, 2,2 milliards d’euros de chiffre d’affaires, implanté sur tous les continents, compte 10 700 collaborateurs et plus de 85 nationalités. Fort de cette expérience et de cette diversité, nous collaborons avec clients, partenaires et chercheurs, pour trouver des réponses toujours plus pertinentes aux besoins de nutrition, de santé, de naturalité et de respect de notre environnement. Ainsi, chaque jour, nous explorons et révélons le potentiel infini des micro-organismes.

Nourrir sainement 9 milliards d’habitants en 2050 en utilisant au plus juste les ressources de la planète, est un enjeu majeur et inédit. Nous croyons que la fermentation est l’une des réponses les plus prometteuses à ce défi.