Domaine d'activité
Recherche & Développement
Catégorie
Other
Localisation
Marquette-lez-Lille, France
Type de contrat
Fix term contract
Experience
Graduate

Description de l'offre

Les écosystèmes microbiens colonisant les intestins humain et animal sont composés de plusieurs centaines ou milliers d’espèces différentes, incluant bactéries, champignon, archaea, protozoaire et virus. La perturbation de ces écosystèmes a été associé à de multiples maladies. A date, la majorité des impacts reportées ont été connectée à la fraction bactérienne. Récemment, les viruses qui infectent les bactéries, nommé bacteriophage (ou phage) ont gagné de plus en plus d’attention comme potentiel modulateur des écosystèmes microbien intestinaux en raison de leur capacité à affecter les communautés bactériennes. La diversité génomique des phages intestinaux reste largement inconnue et la recherche dans ce domaine est balbutiante. Afin d’accéder à la diversité des communautés des phages (phagome) présent dans les intestins humain et animal, les technologies de séquençage métagénomique shotgun permettent l’obtention des millions de lectures de courte taille (environ 100 bases), provenant des génomes présents dans les échantillons fécaux utilisées. L’analyse de ces données pour l’étude de la diversité du phagome nécessite la structuration d’un pipeline d’analyse très spécifiques, qui sera au cœur de la mission proposée.

Missions :

L’ingénieur(e) sera chargé(e) du développement d’outils d’analyse du phagome sur la base d’outils et logiciel existant dans la littérature. Il/elle participera au développement d’un pipeline d’analyse en bioinformatique ainsi qu’à l’analyse de données issues des technologies de séquençage afin d’accédé à la diversité des phages présent dans des jeux de données interne et publique.  

Activités :

  • Identifier, concevoir et développer de nouveau outils de bio-calcul adaptés aux questions posées permettant de mieux exploiter les données obtenues pour l’étude du phagome
  • Diffuser et valoriser les résultats sous forme de rapports techniques, de publications ou de présentations orales
  • Organiser la veille scientifique et technologique associé aux outils bioinformatique utilisés pour l’analyse du phagome intestinal

Qualifications

 

  • Titulaire d’un Doctorat ou d’un Diplôme d’Ingénieur ou Master en Bioinformatique ou en Microbiologie avec une expérience en analyse bioinformatique et biostatistique
  • Disposer d’excellentes qualités relationnelles
  • Capacité à travailler et communiqué en équipe
  • Connaissances théoriques solides en microbiologie et écosystèmes microbiens
  • Expérience en programmation d’applications (Python, Perl) utilisant idéalement Docker et outils d’analyse des données statistique (idéalement R)
  • Maitrise de l’utilisation d’un cluster de calcul, aptitude à programmer des applications informatiques et des pipelines
  • Expérience en analyse de données « omiques », préférentiellement en métabarcoding ou métagénomique
  • Connaissance des dernières technologies de séquençage de masse
  • Maîtrise de l’anglais scientifique (oral, écrit)

Expérience :
Ce poste est proposé pour un profil junior, les profils non expérimentés seront considérés.

Description de l'entreprise

 

Acteur majeur mondial de la fermentation depuis plus d’un siècle, Lesaffre, 2,2 milliards d’euros de chiffre d’affaires, implanté sur tous les continents, compte 11 000 collaborateurs et plus de 90 nationalités. Forts de cette expérience et de cette diversité, nous collaborons avec clients, partenaires et chercheurs, pour trouver des réponses toujours plus pertinentes aux besoins de nutrition, de santé, de naturalité et de respect de notre environnement. Ainsi, chaque jour, nous explorons et révélons le potentiel infini des micro-organismes.

Nourrir sainement 9 milliards d’habitants en 2050 en utilisant au plus juste les ressources de la planète, est un enjeu majeur et inédit. Nous croyons que la fermentation est l’une des réponses les plus prometteuses à ce défi.

Lesaffre – Entreprendre ensemble pour mieux nourrir et protéger la planète.