Pourrais-tu nous en dire plus sur le sujet qui t’a passionnée pendant ces 3 années passées au sein du Centre d’Excellence MicrOrganismS de la RD&I Lesaffre ?
J’ai travaillé sur le microbiote intestinal de patients atteints de maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI). Ces maladies constituent un problème de santé publique majeur et ont un fort impact sur la qualité de vie des patients mais sont aujourd’hui incurables : les patients alternent entre des phases de poussées inflammatoires aiguës et de rémission. Des modifications de la composition et de la fonctionnalité du microbiote intestinal sont souvent associées à ces pathologies. Alors que l’administration de certaines souches de bifidobactéries a montré un effet bénéfique sur les symptômes de ces patients, la diversité des bifidobactéries naturellement présente au sein de ces patients reste très peu décrite. C’est pourquoi, je me suis consacrée à l’analyse de la diversité taxonomique, phénotypique et génétique des bifidobactéries isolées chez des patients atteints de MICI, en phase active (de poussée inflammatoire) ou non active. Une étude de leur potentiel probiotique a complété cette analyse.
Cette thèse CIFRE a donc permis un réel équilibre entre une recherche fondamentale à travers une caractérisation fine du microbiote intestinal de patients atteints de MICI et une finalité appliquée à travers la recherche de souches à potentiel probiotique. Pour la partie fondamentale, j’ai notamment eu la chance de travailler avec le Pr Pierre Desrumeaux, gastro-enterologue reconnu, qui connaît parfaitement ces pathologies, maladie de Crohn et rectocolite hémorragique. Cette alliance entre la recherche fondamentale et la recherche appliquée était très enrichissante et porteuse de sens.
En quoi consistait tes recherches concrètement ?
Cela consistait à isoler des bifidobactéries à partir des fèces de plus de 100 patients afin de constituer une collection qui a été ensuite caractérisée, au niveau taxonomique, génomique et fonctionnel. Des liens ont ensuite été établis entre l’origine des souches, leur identification et leurs fonctionnalités au regard des différentes pathologies, maladie de Crohn et rectocolite hémorragique mais également les différentes phases de ces maladies.
Comment as-tu été accompagnée chez Lesaffre, tout au long de ton doctorat ?
J’ai pu bénéficier du soutien des équipes de LIST spécialisées dans la bio-informatique, la nutrition & santé et l’analytique, ce qui m’a largement permis d’améliorer la qualité de ce projet. Mes directeurs de thèse, Céline Monnet, directrice de recherche au sein du Lesaffre Institute of Science & Technology (LIST) et Benoît Foligné, professeur à Infinite (U1286, Université de Lille), ont également été d’un appui précieux. Et puis sur le Campus Lesaffre, nous disposons d’équipements de pointe remarquables, notamment des robots de criblage à haut débit, sans lesquels nous n’aurions pas pu caractériser l’ensemble des souches isolées.
Et ton meilleur souvenir ? Ta dernière réussite ?
Il y en a beaucoup, mais ma participation à un congrès international, le 23ème Symposium international des bactéries lactiques aux Pays-Bas a été l’un de mes meilleurs souvenir car j’ai eu l’occasion d’y présenter mes résultats et j’ai pu y faire de belles rencontres. La fin de la rédaction de la thèse et la publication de mon premier article sont également des moments particulièrement forts car permettent de se rendre compte et mettre en avant le travail aboutit.
Aujourd’hui, j’ai le plaisir d’intégrer en tant que chercheur l’équipe du Centre d’Excellence MicroOrganimS. Je suis très heureuse de poursuivre mes recherches au cœur de la collection des micro-organismes du Groupe.
Une belle réussite!
Pour en savoir plus, n’hésitez pas à consulter la publication scientifique dédiée à « Analyse taxonomique et phénotypique des bifidobactéries isolées de patients atteints de MICI comme potentielles souches probiotiques » publiée en juin 2024. Bosselaar, S., Dhelin, L., Dautel, E. et al. . BMC Microbiol 24 , 233 (2024). https://doi.org/10.1186/s12866-024-03368-4